原文链接：R语言绘图 | 散点小提琴图
本期教程
写在前面
本期的图形来自发表在Nature期刊中的文章，这样的基础图形在日常分析中使用频率较高。
获得本期教程数据及代码，后台回复关键词：20240405
绘图
- 设置路径
setwd("Your Path")
- 导入所需R包
library(tidyverse)
library(readxl)
library(ggsci)
library(viridis)
library(RColorBrewer)
- 导入数据
df_data <- read_excel("data_input.xlsx",sheet = "Sheet1")
df_data[1:10,1:3]
> df_data[1:10,1:3]
# A tibble: 10 × 3
SampleID visit shannon
<chr> <chr> <dbl>
1 s.10833.35.STL.374294 1M 1.42
2 s.10833.35.STL.433697 12M 3.10
3 s.10833.35.STL.370901 0-4D 4.16
4 IgramRun3.104.2.STL.V07.12mo 12M 3.82
5 s104.STL.V02.1mo 1M 1.98
6 s104.STL.V01.1.4d 0-4D 0.862
7 s.10833.46.STL.372741 0-4D 0.827
8 s.10833.46.STL.435681 12M 3.01
9 s.10833.46.STL.375471 1M 2.57
10 IgramRun3.111.2.STL.V07.12mo 12M 2.26
- 设置主题
theme_clean <- function(){
theme_bw() %+replace%
theme(
panel.grid = element_blank(),
strip.background = element_blank()
)
}
- 绘图
- 绘制基础图形
p1 <- ggplot(df_data,aes(x=visit, y=shannon, color=visit, fill=visit))+
geom_violin()
- 添加散点
p2 <- p1 +
geom_jitter(width = 0.2, size = 0.9)+
scale_color_viridis(end = 0.8, discrete = T)
- 设置颜色
p3 <- p2 +
scale_fill_viridis(end = 0.8, discrete = T, alpha = 0.5)
- 进一步参数修改
p3 +
scale_y_continuous(limits = c(0,7))+
guides(color="none")+
theme_clean()+
##'@
labs(
x="",
y="Shannon diversity"
照葫芦画瓢-绘制箱线图
ggplot(df_data,aes(x=visit, y=shannon, color=visit, fill=visit))+
geom_boxplot()
绘图全部代码
pdf("202405散点小提琴图.pdf",width = 6, height = 4)
ggplot(df_data,aes(x=visit, y=shannon, color=visit, fill=visit))+
geom_violin()+
##'@添加散点
geom_jitter(width = 0.2, size = 0.9)+
scale_color_viridis(end = 0.8, discrete = T)+
##'@设置颜色
scale_fill_viridis(end = 0.8, discrete = T, alpha = 0.5)+
##'@设置Y轴坐标轴
scale_y_continuous(limits = c(0,7))+
guides(color="none")+
theme_clean()+
##'@
labs(
x="",
y="Shannon diversity"
)
dev.off()
若我们的分享对你有用，希望您可以点赞+收藏+转发，这是对小杜最大的支持。
原文链接：R语言绘图 | 散点小提琴图
往期文章：
1. 复现SCI文章系列专栏
2. 《生信知识库订阅须知》,同步更新，易于搜索与管理。
3. 最全WGCNA教程（替换数据即可出全部结果与图形）
4. 精美图形绘制教程
5. 转录组分析教程
6. 转录组下游分析
小杜的生信筆記 ，主要发表或收录生物信息学的教程，以及基于R的分析和可视化（包括数据分析，图形绘制等）；分享感兴趣的文献和学习资料!!
