代谢组数据分析一：代谢组数据准备

介绍

该数据集是来自于Zeybel 2022年发布的文章_Multiomics Analysis Reveals the Impact of Microbiota on Host Metabolism in Hepatic Steatosis_ [@zeybel2022multiomics]，它包含了多种组学数据，如:

• 微生物组（粪便和口腔）

• 宿主人体学指标

• 宿主临床学指标

• 宿主血浆代谢组

• 宿主血浆靶向免疫因子

• 22位患者纵向时间序列数据

本脚本目的是生成符合数据分析的下游数据对象，主要有如下两类：

• phyloseq: phyloseq-class object

  • otu table

  • taxa table

  • sample table

  • tree file

  • Representative sequences (ASV OTU)

• SummarizedExperiment: SummarizedExperiment-class object

  • otu table

  • taxa table

  • sample table