免费Linux系统和生信宝典原创学习教程

免费Linux系统和生信宝典原创学习教程

生物信息的学习离不开Linux系统，不管自己写命令处理数据，还是使用现有的工具。Linux对我们来讲最重要的是它强大的命令行功能，可以快速、批量、灵活的处理数据的提取、统计和整理等耗时耗力的重复性工作。事实上在日常生信分析中，多数整理工作也都是用Linux命令的组合完成的，相比于写完整的Python或Perl程序更简便快捷；另外，生信分析用到的工具大都只在Linux下运行，而Linux发行版众多，更新速度不一，软件的安装是一个令人头大的事情。

另外对我们大部分朋友来说，接触电脑一直都是图形界面系统，通过单击、双击打开文件、切换目录、安装运行软件都已经运用的得心应手，对文件路径的概念也不太关注。乍一接触Linux，会对其组织逻辑不适应，生信宝典公众号最开始推出Linux教程就是关于文件和目录的描述，以及与Windows系统的对应，方便做一个快速切换。

文后列出的Linux教程是属于比较精简的生信工作者常用的命令和命令组合。与传统的Linux书籍不同的地方有两点：

摒弃大部分用不到的Linux命令，只保留生信常用的，学习起来更有的放矢。

增加生信实战中Linux命令的组合，这是通用Linux教程中所没有的。通用教程只会提供一块块砖，我们是提供组合好的模块，直接可以应用，避免只见树木不见森林。

教程有了，还需要一个练习的环境。如果不熟悉Linux时自己安装是比较麻烦的，所以可以借助在线免费平台进行练习。这又体现了我们的教程的又一好处，测试数据自带于教程中，不依赖外部数据的导入，保证了自身的完整性。

推荐的免费平台有2个：linuxzoo和codenvy。

linuxzoo

访问网址：http://linuxzoo.net/，按下图生信宝典录制的动画所示用邮箱注册，注册完之后立即可以使用。收到激活邮件点击后，可永久使用。

注册后，按图示点击选择喜欢的操作系统，这里选的是默认的Centos，然后就可以connect。最简单的打开方式是直接在浏览器打开使用, 点击JScript Telnet即可跳转登录界面。如果用根用户登录，输入用户名root和密码secure。其它用户名和密码都在首页展示，自己查询即可获得。

linuxzoo优点是有根用户权限，缺点是不能连接外网，但不影响我们大部分代码的练习。

CODENVY

访问网址：http://codenvy.io/，也需要先注册，如果有Github和谷歌账号的话，可以直接登录。然后按图示Create Workspace，任选一个STACK就可以，都是基于Ubuntu系统的，然后等待完成初始化，即可使用了。

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Linux教程目录

Linux - 文件和目录

Linux - 文件操作

Linux - 文件内容操作

Linux - 环境变量和可执行属性

Linux - 管道、标准输入输出

Linux - 命令运行监测和软件安装

Linux - 常见错误和快捷操作

Linux - 文件列太多，很难识别想要的信息在哪列；别焦急，看这里。

Linux - 文件排序和FASTA文件操作

Linux - 应用Docker安装软件

Linux - Conda软件安装方法

Linux - 服务器数据定期同步和备份方式

Linux - VIM的强大文本处理方法

Linux - 查看服务器配置信息

Linux - SED操作，awk的姊妹篇

Linux - 常用和不太常用的实用awk命令

Linux - 那些查找命令

Linux - 原来你是这样的软连接

Bash概论 - Linux系列教程补充篇