工具：如何从NCBI下载SRA数据

如何从NCBI下载SRA数据

我们通常需要从NCBI去下载公共数据，这些数据常常是以SRA格式存储在云端，那么我们该如何下载它们呢。

1. 登陆NCBI，选择GEO DataSets，输入查询关键字：“GSE147236”

2. 点击第一个items，进入GEO Accession Viewer网址

3. 点击该网页最下方SRA Run Selector链接选项，进入下载SRA信息网址

4. 进入Run Selector网址，可根据下方table选择下载的SRA样本，再在Select功能栏选择Download列的Metadata和Accession List进行下载，前者是SRA的分组等信息，后者是SRA的单独SRA编号，可以用于后续下载SRA数据。

5. 获取SRA AccessionList文件后，可使用先前安装好的sratoolkit软件套装 prefetch下载SRA文件，但在下载前需设置下载路径：

• 简要说明安装(以ubuntu举例)，1）先去 https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/02.-Installing-SRA-Toolkit 下载sratoolkit; 2）解压压缩包 3）sratoolkit软件导入环境

# download
wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz

# uncompress
tar -vxzf sratoolkit.tar.gz

# cd ~/.bashrc
export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.3.0.0-mac64/bin:$PATH

• 先使用which prefetch查看是否已安装该软件；

• 再使用vdb-config --interactive命令，在交互式窗口SRA configuration设置下载路径；
  

• 选择CACHE设置location，两个location选项均可以设置为文件下载路径

6. 配置完下载路径后，在该目录下运行下列下载命令，所下载文件.sra文件将在该目录下的子目录sra内

# 下载文件
head public_samples_SRA.tsv
# SRR212430
# SRR212431
# SRR212432
# SRR212433


# 下载命令
prefetch --option-file public_371samples_SRA.tsv