在一个已经打包的 Singularity Image Format (SIF) 镜像中添加 Conda 软件涉及到几个步骤,主要因为 SIF 文件是不可变的。因此,直接修改 SIF 文件是不可能的,但你可以通过以下方法间接实现目的:
1. 将 SIF 转换为 Sandbox(目录形式)
首先,需要将 SIF 镜像转换为可修改的 sandbox 模式,以便进行更改。
sudo singularity build --sandbox /path/to/sandbox /path/to/image.sif
这个命令将会创建一个可写的目录结构 /path/to/sandbox
,这个目录包含了原始 SIF 镜像的所有内容。
2. 安装 Miniconda 或 Anaconda
接下来,进入 sandbox 并安装 Conda。根据你的需要,你可以选择安装 Miniconda(更轻量级)或 Anaconda(更全面)。
下载 Miniconda 安装脚本
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh