BNIP3作为识别实体瘤预后和诊断的潜在生物标志物

介绍

本文复现的是一篇单基因泛癌的文章，原文链接：

BNIP3 as a potential biomarker for the identification of prognosis and diagnosis in solid tumours

视频链接：零代码复现1-BNIP3作为识别实体瘤预后和诊断的潜在生物标志物

工具链接：http://www.sxdyc.com/zeroCodeTool

本文分析并不难，主要是两个大的fig

fig1. A:BNIP3 mRNA在不同类型的癌症中的表达。B–C：COX回归分析。D-K：Kaplan-Meier生存分析。L：BNIP3 表达与 33 种癌症中三个临床特征（年龄、性别和分期）的关系。M–N：BNIP3 和 MSI 之间的相关性。O-Z：BNIP3表达与癌症中不同类型免疫细胞浸润水平之间的关系,

由于L图看不清，所以未进行复现

fig2:A:与BRCA中BNIP3表达相关的信号通路。B：SARC 中与 BNIP3 表达相关的信号通路。C：与KIRC中BNIP3表达相关的信号通路。D：与 LGG 中 BNIP3 表达相关的信号通路。E：KIRC 和 LGG 的维恩图。F：KIRC和LGG的维恩图。G：SARC和BRCA之间以及KIRC和LGG之间的交叉路径。H-I：BNIP3表达与相关基因（免疫检查点基因和相互作用基因）表达的相关性。J：BNIP3相互作用基因的PPI网络

fig2. 我们主要复现A-D，在E-I，并没有进行绘制，主要是作者自己挑选的关键的富集的结果单独进行的绘图。
 

这里我们看一下豆芽菜首次推出的零代码复现工具，并将分析进行打包，做成工具盒

链接如下：http://www.sxdyc.com/zeroCodeTool

这里总共分了8步进行复现

1、单基因在泛癌中表达的比较

输入想要分析的基因名，然后选择对应的数据库，可以直接选择TCGA或者是TCGA+GTEx，选择两个颜色，第一个为正常组织的颜色，第二个为肿瘤组织的颜色

运行成功后：

2、单基因在泛癌中预后森林图

直接导入之前的任务数据，选择生存时间的单位，这里可以用年，月，日其中一个

成功了下载数据

3、泛癌单基因高低表达KM曲线

选择合适的截断值划分基因高低表达，如这里默认选择最佳截断

4、基因与TMB和MSI相关性分析

选择计算相关的方法，默认选择pearson

运行成功后，全选，下载

5、基因与免疫评分的相关性分析

基因与免疫评分的相关性分析，默认选择pearson进行分析，这里主要是使用ESTIMATE的方法预测免疫浸润的评分，计算与基因表达之间的相关性

6、免疫细胞评分的比较

在第三步获取的基因高低表达组，通过秩和检验比较高低组中免疫细胞评分的差异，这里的免疫细胞评分是根据CIBERSORT的方法预测的22种免疫细胞评分

7、差异基因的富集分析

这一步有点慢，他是通过limma差异分析，基于logfc对基因进行排序，然后使用clusterProfiler包进行富集分析。这里可以选择自己想做的库，一般做KEGG，和GO-BP比较多

8、基因GSEA分析

这一步有点慢，他是通过limma差异分析，基于logfc对基因进行排序，然后使用clusterProfiler包进行GSEA富集分析

运行完成后，下载

至此BNIP3作为识别实体瘤预后和诊断的潜在生物标志物零代码工具盒就介绍完了，总体来说使用还是挺方便的，感兴趣的小伙伴也可以去试试！

当然如果有推荐或者心仪的工具也可以去留言，经过技术评估后就会进行上线安排，还是比较亲近用户的！