上一期，给大家介绍了动植物方向的客户案例，没有看过的小伙伴可以点击此链接快速了解。（数据库客户案例：每个物种都需要一个数据库！）
今天接着大家介绍凌恩生物在医学方向的数据库及分析系统搭建案例，涵盖了基因编辑、RNA剪接、转录组学、代谢组学、表达图谱等多个领域。这些工具和数据库可以帮助研究人员更好地理解和分析生物数据。
数据库的搭建已成为新的研究热点。更多内容请联系凌恩，期待与您合作，共建个性化数据库！
1、ARDPM：致病性变异的腺嘌呤碱基修复sgRNA数据库
项目名称：新型碱基编辑器介导高效的 A-to-G 碱基编辑
链接地址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/
项目描述：本研究建立了一个生物信息学工具，致病性变异的腺嘌呤碱基修复sgRNA数据库（ARDPM），碱基编辑器SpRY-ABE8eF148A扩大了G·C-to-T·A致病变异的编辑范围，提高了编辑精度。
合作单位：浙江大学
Cite：A novel base editor SpRY-ABE8eF148A mediates efficient A-to-G base editing with reduced off-target effect. Molecular Therapy Nucleic Acid, 2023.
2、GepLiver：跨越发育阶段和肝病阶段的综合肝脏表达图谱
项目名称：GepLiver：跨越发育阶段和肝病阶段的综合肝脏表达图谱
链接地址：www.gepliver.org
项目描述：GepLiver可用于探索肝脏表型中基因和细胞类型的表达模式和转录组特征的演变，协助肝脏转录组动态的研究，并为肝脏疾病的生物标志物和靶点提供信息。
合作单位：复旦大学上海肿瘤中心
Cite：GepLiver: an integrative liver expression atlas spanning developmental stages and liver disease phases.Sci Data,2023.
3、RJunBase：人类正常和癌组织中 RNA 剪接点的数据库
项目名称：RJunBase：人类正常和癌组织中RNA剪接点的数据库
链接地址：www.RJunBase.org
项目描述：RJunBase包含682017个线性连接、225949个反向剪接连接和34733个融合连接，跨越18084个非癌样本和11540个癌样本。RJunBase可以帮助研究人员发现新的剪接相关靶标，并为识别和评估用于癌症治疗的潜在新表位提供见解。
合作单位：复旦大学附属肿瘤医院
Cite：RJunBase: a database of RNA splice junctions in human normal and cancerous tissues.Nucleic Acids Research,2021.
4、exoRBase：人类血液外泌体RNA数据库
项目名称：exoRBase：人类血液外泌体中circRNA、lncRNA和mRNA的数据库
链接地址：http://www.exoRBase.org
项目描述：exoRBase的第一个版本包含58330个circRNA，15501个lncRNA和18333个mRNA。提供了注释、表达水平和可能的原始组织。exoRBase将帮助研究人员识别血液外泌体中的分子特征，并将引发新的外泌体生物标志物发现和对人类疾病的功能意义。
exoRBase 2.0 不仅整合和比较了 exLR 表达谱，而且还可视化了通路水平的功能变化和循环 EV 在不同生理和病理条件下起源的异质性。我们的数据库提供了一个有吸引力的平台，用于从人类体液中识别新的 exLR 特征，这将有助于发现新的循环生物标志物以改进疾病诊断和治疗。
合作单位：上海市肿瘤研究所
Cite：[1] exoRBase: a database of circRNA, lncRNA and mRNA in human blood exosomes.Nucleic Acids Research,2018.
[2] exoRBase 2.0: an atlas of mRNA, lncRNA and circRNA in extracellular vesicles from human biofluids. Nucleic Acids Research, 2021.
5、一种用于精准医学的代谢物阵列技术
项目名称：一种用于精准医学的代谢物阵列技术
链接地址：https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/33797874/
项目描述：一种自动化高通量代谢物阵列技术，可以快速定量地测定324种代谢物，包括脂肪酸、氨基酸、有机酸、碳水化合物和胆汁酸。
合作单位：绘云生物
Cite：A Metabolite Array Technology for Precision Medicine.Analytical Chemistry,2021.
6、IP4M：基于质谱的代谢组学数据挖掘集成平台
项目名称：IP4M：基于质谱的代谢组学数据挖掘集成平台
链接地址：https://IP4M.cn
项目描述：IP4M包括8大模块62个功能，涵盖代谢组学数据挖掘的所有步骤，包括原始数据预处理、峰注释、峰表预处理、基本统计描述、分类和生物标志物检测、相关性分析、聚类和子聚类分析、回归分析、ROC 分析、通路和富集分析以及样本量和功效分析。
合作单位：上海交通大学附属第六人民医院
Cite：IP4M: an integrated platform for mass spectrometry-based metabolomics data mining.BMC Bioinformatics,2020.
7、iMAP：用于代谢组学数据综合分析的 Web 服务器
项目名称：iMAP：用于代谢组学数据综合分析的 Web 服务器
链接地址：https://imap.metaboprofile.cloud/
项目描述：iMAP可以让用户一站式进行近乎完整的代谢组学数据分析,大量绘图工具已升级，可用于高度定制的出版就绪图形。
合作单位：上海市交通大学附属第六人民医院
Cite：iMAP: A Web Server for Metabolomics Data Integrative Analysis.Frontiers in Chemistry,2021.
Tips
凌恩-VG生信团队，致力于开拓前沿分子生物学技术和高性能计算在生命科学研究、分子育种及人类健康领域的应用，旨在为生命科学领域客户提供国际领先的数据管理和分析解决方案。公司拥有多项自主专利技术和软件著作权，成功开发VG多样性分析软件、VG转录组分析软件、VG生信分析云平台、R J肿瘤信息 管理系统（临床应用）、Y-STR/Y-SNP法医学分析平台（法医应用）、FD个人基因组分析和报告系统、FD祖源分析和报告系统、FD家系分析和报告系统、动植物物种数据库（水稻、蕨类、瓠瓜、旱獭、桉树等 ）、TMBQ 靶向代谢组批量定量分析平台、蛋白代谢数据分析平台等。客户群体包括高等院校、科研院所、三甲医院及疾控中心，药企及基因检测公司等。
