快准狠!在3D Slicer中,使用TotalSegmentator扩展可在1分钟内自动分割全身117个器官

TotalSegmentator v2版本
本系列涵盖从 3D Slicer 医学图像查看器的基础使用到高级自动分割扩展程序的内容(从入门到高阶!),具体包括软件安装、基础使用教程,自动分割扩展(totalsegmentator, monai label)快速标注数据。

Tina姐:强烈建议做图像分割的宝宝们好好学习,跟着Tina姐涨姿势!本教程耗时一周完成,特别感谢我的老板给予技术支持。如果对你有帮助,转发支持一下🖖

这是该系列的第二篇,在这篇博文中,我们将从3D Slicer下载一些示例数据,并使用自动分割扩展从图像中分割目标。将重点介绍TotalSegmentator扩展

在后续文章中,我们将把自己的数据导入 3D Slicer 并使用另一个名为 MONAILabel 的自动扩展。使用该扩展,我们将分割更多结构。然后,我们将使用 MONAILabel 在我们自己的数据集上训练我们自己的模型。

第一篇文章可以在这里找到
3D Slicer-最强大的开源医学图像分割工具简要概述

硬件条件

CUDA

如果您没有受支持的 GPU,您将仅使用 CPU 进行分割。CPU 足以进行基本的可视化和分割,并且我在我的 CPU 上运行了本文中的每个模型,没有出现任何问题。

但是,对于更复杂的操作,建议使用 GPU。

安装相关扩展程序

3D Slicer提供的扩展程序很多,有时间的朋友可以安装玩玩

打开3D Slicer, 点击 View->Extensions Manager(快捷键 ctrl+4/command+4),按需要安装以下扩展

  • TotalSegmentator:自动分割全身CT100多个器官组织
  • AirwaySegmentation:自动分割气道(气管,支气管)
  • HDBrainExtraction:自动剥头颅骨

踩坑经验:下载扩展时提

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