一篇五分生信临床模型预测文章代码复现——Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润(九)——ssGSEA——倒数第三节

 

之前讲过临床模型预测的专栏,但那只是基础版本,下面我们以自噬相关基因为例子,模仿一篇五分文章,将图和代码复现出来,学会本专栏课程,可以具备发一篇五分左右文章的水平:

本专栏目录如下:

Figure 1:差异表达基因及预后基因筛选(图片仅供参考) 

Figure 2. 生存分析,箱线图表达改变分析(图片仅供参考)

Figure 3. 基因富集分析(图片仅供参考) 

Figure 4.构建临床预测模型(图片仅供参考)

Figure 5.训练集训练模型(图片仅供参考)

Figure 6.测试集测试模型(图片仅供参考) 

Figure 7.外部数据集验证模型(图片仅供参考)

Figure 8.生存曲线鲁棒性分析(图片仅供参考)

FIgure 9.列线图构建,ROC分析,DCA分析(图片仅供参考)

Figure 10.机制及肿瘤免疫浸润(图片仅供参考)

下面讲一下免疫浸润,主要是xCell包,estimate,cibersort的用法,然后绘制箱线图或者热图。

下面讲一下ssGSEA,首先得准备好免疫相关的数据集,具体数据集可以在文献中查找(PMID: 24138885)&#

最近更新

  1. TCP协议是安全的吗?

    2023-12-30 23:02:05       18 阅读
  2. 阿里云服务器执行yum,一直下载docker-ce-stable失败

    2023-12-30 23:02:05       19 阅读
  3. 【Python教程】压缩PDF文件大小

    2023-12-30 23:02:05       18 阅读
  4. 通过文章id递归查询所有评论(xml)

    2023-12-30 23:02:05       20 阅读

热门阅读

  1. shell编程进阶

    2023-12-30 23:02:05       44 阅读
  2. 纯前端 文件上传汇总

    2023-12-30 23:02:05       34 阅读
  3. 西安电子科技大学现代密码学实验四报告

    2023-12-30 23:02:05       23 阅读
  4. 2023.12.28 Python 多进程多线程

    2023-12-30 23:02:05       27 阅读
  5. VSCode的介绍和入门

    2023-12-30 23:02:05       31 阅读
  6. 强化学习计划

    2023-12-30 23:02:05       36 阅读
  7. Git三种方法从远程仓库拉取指定分支

    2023-12-30 23:02:05       37 阅读
  8. 2分钟快速了解Nginx

    2023-12-30 23:02:05       37 阅读
  9. LeetCode 155:最小栈

    2023-12-30 23:02:05       29 阅读
  10. 总结心得:各设计模式使用场景

    2023-12-30 23:02:05       39 阅读