生信技能52 - VCF文件hg38与hg19坐标相互转换

  • 开发
  • 20

对SNP/INDEEL Calling获得的VCF文件进行hg38与hg19的坐标相互转换 。

1. 基础软件安装

# 安装tabix
conda install tabix -y
# 安装gatk
conda install gatk -y

2. 下载liftover需要的chain文件

# hg38转hg19坐标文件
gwet 'https://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg38/liftOver/hg38ToHg19.over.chain.gz' -O hg38ToHg19.over.chain.gz

# 解压
gunzip hg38ToHg19.over.chain.gz

# hg19转hg38坐标文件
wget &
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