常见的基因表达度量单位(ChatGPT)

  1. Counts (原始计数):

    • 定义: 基因在测序中被测量的原始碱基计数。
    • 取值范围: 整数值,通常是非负整数。
  2. FPKM (Fragments Per Kilobase Million):

    • 定义: 每千碱基对每百万对应基因的读取数。考虑了基因长度和测序深度。
    • 取值范围: 可能为小数,不限定范围。
  3. TPM (Transcripts Per Million):

    • 定义: 每百万个RNA分子中的转录本数,考虑了基因长度和测序深度。
    • 取值范围: 可能为小数,通常在非负实数范围内。
  4. RPKM (Reads Per Kilobase Million):

    • 定义: 每千碱基对每百万对应基因的读取数。类似于 FPKM,但考虑了测序深度而不是基因长度。
    • 取值范围: 可能为小数,不限定范围。
  5. CPM (Counts Per Million):

    • 定义: 每百万碱基对应基因的原始计数。
    • 取值范围: 可能为小数,通常在非负实数范围内。

这些度量单位的选择取决于研究的具体需求和数据的性质。例如,FPKM、TPM、RPKM 等考虑了库大小和基因长度的因素,使得在不同样本之间进行比较更具可行性。在实际分析中,常根据研究的目的和具体的数据集选择合适的度量单位。

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