Counts (原始计数):
- 定义: 基因在测序中被测量的原始碱基计数。
- 取值范围: 整数值,通常是非负整数。
FPKM (Fragments Per Kilobase Million):
- 定义: 每千碱基对每百万对应基因的读取数。考虑了基因长度和测序深度。
- 取值范围: 可能为小数,不限定范围。
TPM (Transcripts Per Million):
- 定义: 每百万个RNA分子中的转录本数,考虑了基因长度和测序深度。
- 取值范围: 可能为小数,通常在非负实数范围内。
RPKM (Reads Per Kilobase Million):
- 定义: 每千碱基对每百万对应基因的读取数。类似于 FPKM,但考虑了测序深度而不是基因长度。
- 取值范围: 可能为小数,不限定范围。
CPM (Counts Per Million):
- 定义: 每百万碱基对应基因的原始计数。
- 取值范围: 可能为小数,通常在非负实数范围内。
这些度量单位的选择取决于研究的具体需求和数据的性质。例如,FPKM、TPM、RPKM 等考虑了库大小和基因长度的因素,使得在不同样本之间进行比较更具可行性。在实际分析中,常根据研究的目的和具体的数据集选择合适的度量单位。